Il museo nasce per volontà del naturalista e collezionista Giuseppe De Cristoforis (1803 - 1837), che lasciò in eredità le sue imponenti collezioni alla città di Milano con il vincolo di fondare un museo la cui direzione fosse affidata al suo amico Giorgio Jan (1791 - 1866). Costui a sua volta lasciò in eredità al museo le sue altrettanto importanti collezioni naturalistiche.

Dopo qualche traversia legata al bisogno di ospitare l'ingente e crescente mole delle collezioni, l'attuale sede fu infine costruita appositamente fra 1888 e 1893, in stile neoromanico ed accenni di neogotico negli elementi superiori, su progetto di Giovanni Ceruti nei Giardini pubblici di Milano, zona di Corso Venezia.

Purtroppo il museo fu quasi totalmente distrutto da un bombardamento nel 1943, con la perdita di circa metà dei materiali delle collezioni. Fu ricostruito dopo la guerra e riaprì al pubblico nel 1952.

Oggi il museo possiede 23 saloni d'esposizione (su circa 5.500 m²) articolati su due piani ed un sottotetto, e preserva quasi tre milioni di pezzi. Possiede inoltre la maggiore esposizione di diorami d'Italia (un centinaio circa).

La sua biblioteca possiede 120.000 volumi ed ha circa 4.000 abbonamenti a riviste.

Nel Museo ha sede dal 1857 la Società Italiana di Scienze Naturali (nata nel 1855 con nome Società Geologica in Milano), con la quale collabora attivamente sia in campo scientifico che editoriale.

Dal 1993 all'interno del Museo civico di storia naturale è collocato il Centro Studi Archeologia Africana (CSAA). Il Centro - che è stato fondato nel 1986 con l'obiettivo di sostenere spedizioni, ricerche scientifiche, mostre, conferenze e pubblicazioni sull'Africa e che opera in sinergia con il museo - è dotato di una biblioteca specializza e di una fototeca (in deposito all'interno della biblioteca del museo) e di una raccolta di stampe (oggi a seguito di una donazione di proprietà del museo stesso).

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